Nedostatak selena je rijedak, no javlja se u područjima gdje je tlo siromašno selenom. Kliničke manifestacije nedostatka selena nisu točno definirane, ali uključuju slabost mišića i mijalgiju, u nekim slučajevima, razvojem kongestivnog zastoja srca. Također, javlja se gubitak pigmentacije kose i noktiju, povećanje srca, stvaranje katarakata, pogoršana spermatogeneza te pogoršanje rasta koje se povezuje s ulogom selena u metabolizmu hormona štitnjače.
Međutim, nedostatak selena ne uzrokuje bolesti kao takav, već rezultira povećanom osjetljivošću organizma na bolesti uzrokovane prehrambenim, biokemijskim i infektivnim čimbenicima. Specifična bolest koja se povezuje s nedostatkom selena je i Keshanova bolest.
Keshanova bolest je endemska bolest karakterizirana kardiomiopatijom koja zahvaća mlade žene i djecu u regijama Kine koja su siromašna selenom. Akutan oblik bolesti se karakterizira iznenadnom pojavom insuficijencije srca, dok kroničan oblik bolesti rezultira umjerenim do ozbiljnim povećanjem srca s različitim stupnjevima srčane insuficijencije.
Učestalost Keshanove bolesti je usko povezana s vrlo niskim unosom selena hranom. Dodatan unos selena kroz dodatke prehrani štiti od razvoja Keshanove bolesti, no ne može poništiti oštećenje srčanog mišića, jednom kad se on dogodi.
Međutim, iako je nedostatak selena osnovni čimbenik razvoja Keshanove bolesti, postoje sezonske i godišnje varijacije u pojavi bolesti što sugerira da je uključen i nekakav infektivni čimbenik razvoja bolesti. Coxsackie (koksaki) virus je jedan tip virusa koji je izoliran iz oboljelih od Keshanove bolesti, a istraživanja pokazuju da je ovaj virus sposoban izazvati upalu srca koja se naziva miokarditis. Također, pokazalo se da oksidativan stres nastao kao posljedica nedostatka selena može uzrokovati promjene u genomu virusa koje bi mogle rezultirati pretvorbom relativno bezopasnih sojeva virusa u sojeve koji uzrokuju miokarditis.